Можно еще так
в 
.htaccess все скрипты (
или как угодно пропишите) обрабатываются в 
script.php
RewriteRule ^([A-z0-9-_/]+)\.js$ script.php?=$1.js [L,QSA]
а в корень поддомена(ов) кладете такой файл  
script.php
<?php
if( 
   preg_match('#^script.php#', $_SERVER['REQUEST_URI']) == 1  // если вызвать напрямую этот файл
 || 
   !is_file('..'.$_SERVER['REQUEST_URI'])     // если пути в родительской папке не существует
  ) header('HTTP/1.1 404 Not Found'); 
include('..'.$_SERVER['REQUEST_URI']);   
?>
тогда по запросу с поддомена(ов)
<script src="/scripts/script.js"></script>
будет выдавать файл из родительской папки  с таким же путем, при условии, что есть путь и файл