windows плохо загружается с removable disk, коим по мнению ее системы является sdcard (это определяется драйверами во время обнаружения устройства, позже можно менять в реестре но конкретно в момент загрузки с этим проблема), существуют сборки на основе winpe, но у них проблемы с драйверами уже видеоподсистемы и по мелочи.
linux прекрасно работает с любого устройства, достаточно разместить загрузчик и /boot раздел на том что видит bios, все остальное можно где угодно как угодно размещать, популярный grub умеет так же запускать windows, включая uefi режим.
в любых случаях у майкрософта загрузочный раздел может размещаться на отдельном диске (в конфигурации можно указывать где находится \windows) придется настраивать его вручную, загрузившись с livecd диска в режиме восстановления