По поводу вопроса - у вас есть изменения в файлах, pull делается в чистой ветке.
Но я крайне рекомендую пользоваться гитом в консоли. Там вы сможете сделать все быстрее и эффективнее.
Без этого с гитом не поладить -
Pro Git
Да, будет сложно во всем этом разобраться, у вас периодически будут возникать вопросы "какого черта?" и "как, блин, это работает?", но впоследствии вы будете восхищаться гитом:)
Однако, и с этим спорить сложно, в PhpStorm очень хорошая поддержка гит и многие вещи можно сделать кнопочками. Но гит и консоль созданы друг для друга:)
