Андрей Кузнецов, можно не полностью, а нужное (например кеш компонентов или кеш какого-то конкретного компонента). и лучше через консоль rm -rf bitrix/cache/ из корневой папки сайта.
Антон, в файле /bitrix/admin/site_checker.php вот это /bitrix/admin/site_checker.php?lang=ru права в модуле "управление структурой" на скрине Уточите пожалуйста что и как и где долно быть?