Как-то так с использованием иксов и imagemagick:
```bash
~
➜ xprop -root|grep '^_NET_CLIENT_LIST'
_NET_CLIENT_LIST_STACKING(WINDOW): window id # 0x2800017, 0x5c00003, 0x5a00006, 0x400006, 0x4800006, 0x4a00003, 0x4200007, 0x2800036, 0x4e0001b, 0x4e00018
_NET_CLIENT_LIST(WINDOW): window id # 0x2800017, 0x4800006, 0x2800036, 0x4e0001b, 0x4e00018, 0x5c00003, 0x400006, 0x4200007, 0x5a00006, 0x4a00003
~
➜ import -window 0x2800017 screen.jpeg
```