А что с правами на проблемный файл и каталог, где он лежит:
ls -l /usr/lib/cgi-bin/php53-cgi
ls -ld /usr/lib/cgi-bin/php53-cgi
Он ищет сайт в
/php53-cgi, раз запрашивает
/php53-cgi/index.php
От какого пользователя запускаете процесс:
ps aux| php-cgi
На мой взгляд, Вы пришли не к самому простому решению. Вот как можно сделать, чуть проще:
1. Скачать исходники нужной версии php.
2. Сконфигурировать ее с нужными ключами, например так:
./configure --prefix=/usr/local/php5.3.27 --with-curl '--with-gd' '--with-mcrypt' '--with-mysql' --with-libdir=lib64 '--with-mysqli' '--enable-mysqlnd' '--with-pdo-mysql' '--with-xmlrpc' '--with-pear' '--enable-zip' '--enable-soap' '--enable-sockets' '--enable-mbstring' '--with-jpeg-dir' '--with-png-dir' '--with-zlib-dir' '--with-freetype-dir' '--with-pcre-dir' '--enable-ftp' '--enable-exif' '--enable-calendar' '--enable-bcmath' '--with-zlib' '--with-config-file-path=/etc/php5.3.27' '--with-config-file-scan-dir=/etc/php5.3.27/conf.d' '--with-openssl' --with-apxs2=/usr/sbin/apxs --with-libxml-dir --with-bz2 --with-pcre-dir --enable-shmop --enable-sysvmsg --enable-sysvsem --enable-sysvshm --with-tidy --with-iconv-dir --with-pear
Важным здесь является:
--prefix - куда все поставится;
--with-config-file-path, --with-config-file-scan-dir - где мы будем держать конфиги для этой версии.
3. Собственно собрать через make, make install или checkinstall.
Подключить нужную версию php можно через .htaccess в корне нужного сайта через обписание хендлера, как-то так:
Action php-script /usr/local/php5.3.27/bin/php
AddHandler php-script .php
