Если в зоне действия текущего Пользователя, т.е. в зоне Домашнего каталога /home/ваше_имя_Пользователя, то, например, если файл лежит в каталоге Документы:
echo '127.0.0.1 site.com' >> Документы/myfile.sh
А если надо добавить в файл в зоне действия root (корень ФС например), например ваш файл myfile.sh лежит в /etc, то правильно так:
sudo sh -c "echo '127.0.0.1 site.com' >> /etc/myfile.sh"