Вам подойдёт плагин
Rename It.
С его помощью можно переименовать все слои массово. Можно выделить все фреймы и нажать на Enter - тогда выделятся все слои внутри фреймов. Далее запускаете плагин и выбираете
Parent Name (будет наследовать название фрейма) + Num (чтобы была нумерация). Не забудьте поставить между ними "/", чтобы при экспорте для каждой группы создались отдельные папки по названию фрейма.
На скрине пример конечного имени
Когда все переименуете, можно опять выделить все фреймы, нажать Enter чтобы выбрались слои внутри, ну и уже экспортируйте в нужном вам формате