Отличия в охвате специальных символов, которые подвергаются конвертированию.
Функция encodeURI меньше охватывает символов, а функция encodeURIComponent - больше.
Но ни та, ни другая не достигает стандарта RFC 3986, чтобы считаться полностью правильно закодированным в вид контента application/x-www-form-urlencoded (смотрите документацию по
encodeURI).
PS: Со стороны php сервера такая же история. Есть urlencode/urldecode - которые неполные по RFC 3986, а есть rawurlencode/rawurldecode - которые полностью удовлетворяют стандарту RFC 3986. При кастомном конструировании http пакетов предпочтительно использовать последние.