drtwr, не очень понятно зачем комбинировать с подложкой. Сделай комбинацию поэтапно, увидишь где косяк возникает. Иллюстратор здесь вообще не причем. Это самая адекватная программа из векторных редакторов
Предположил бы 2 причины почему может такое возникать:
1. Привязка в пикселям или сетке.
Попробуйте зайти в меню View и выключить все параметры внизу начинающиеся со "Snap to ..."
2. При экспорте в SVG
Тут я чаще такую историю встречал, что элементы коробит при экспорте в SVG. Тут пожалуй единственное решение увеличить масштаб в 4-10 раз.