Именно функционал клонирования, причем запущенного, есть у систем виртуализации, если физически машины имеют одинаковое железо то, на этом даже основаны системы резервирования приложений, позволяющие не прекращать их работу (доля секунды пауза) даже после смерти одной из машин (Fault Tolerance как часть High Availability у vmware).
Если речь идет о переносе настроек, то в большинстве случаев достаточно определить место их хранения и скопировать только их. Можно проконтролировать как именно приложение устанавливается на машину с помощью монитора работы с диском и реестром (этого обычно достаточно) например приложения microsoft
sysinternails
На практике никто конечно не решает это проблему в лоб, на целевую машину производят штатную установку приложения, а затем копируется реестр (с помощью штатного regedit) из HKLM и HKCU /Software/.. и и файлы из appdata (плюс собственно файлы приложения, где их хранят)
