В dotPeek есть волшебная кнопка "Export to project" которая появляется, когда нажимаешь ПКМ на нужной сборке.
После экспорта тебе нужно просто открыть этот проект в Visual Studio и собрать заново, предварительно изменив те файлы, которые тебя интересуют.