Последние 3 записи
SELECT * FROM ... ORDER BY id DESC limit 3
Все записи кроме этих 3х
SELECT * FROM ...
WHERE ID NOT IN (SELECT * FROM ... ORDER BY id DESC limit 3)
Вместо подзапроса можно написать конкретные id.
Вообще это плохой способ, т.к NOT IN не использует индекс.
2й запрос в Вашем конкретном случае лучше написать
SELECT * FROM ... ORDER BY id DESC limit 3, 100000