Оно вообще упоротое в последних версиях, кирилличные сочетания клавиш не работают во многих программах, нельзя многие клавиши назначить на переключение языков, и много чего интересного.
Решение я нашел только одно, оно работает безотказно, по-моему никто пока лучшего не нашел:
https://bugs.launchpad.net/unity/+bug/1226962
Мои комментарии 221 и 224, да и в целом там очень занятное чтиво, куча людей страдает, а разработчики GNOME игнорят.