Controller является частью приложения, соответственно пакет Controllers должен находиться внутри пакета application
Это, конечно, можно править аннотациями спринга, но вообще SpringBootApplication ищет компоненты (контроллеры, сервисы, репозитории и т.д.) "вниз" от класса приложения. Соответственно в вашей структуре оно контроллер просто не находит и не создает бин контроллера.
Альтернатива - см. аннотацию ComponentScan