Десктопное приложение - хороший признак, неплохо описывает требования к хранилищу как однопользовательский, нет веб сервера (при его наличии и необходимость раздачи статичных файлов вопрос в выборе способа не стоит - однозначно файлами) и простота обслуживании.
Игроделы давно уже поняли что хранить миллион файлов (спрайты, модели и т.п.) удобнее в каком то упакованном виде, в файле, и большинство сильно не заморачиюватся и либо используют формат, предлагаемый фреймворком, либо берут готовый архиватор (zip например)
Достоинство выбора архивного формата - универсальность, наличие готового инструментария, возможность восстановления из коробки и главное, с архивом можно работать типовыми инструментами а не пилить свое.
Но и свой формат тоже где то оправдан, например уменьшение накладных расходов на хранение (например убрав имена файлов, оставив их идентификатор, можно сильно сократить размеры каталога/индекса). Совет, индекс хранить в конце файла, чтобы при изменении размеров при обновлении, не пришлось перекачивать весь файл, только потому что из-за одного изменившегося файла все остальные сдвинулись на несколько байт.
p.s. использовать sqlite для хранения файлов - плохая практика, даже если чтение будет быстрым (за счет того что sqlite это не сетевое подключение к базе данных, нет сериализации передаваемых данных и прочее), с записью все будет гораздо хуже. Попробуй гигабайтовой sqlite базой поманипулируй, тебе сильно не понравится (очень медленно), когда как обычный архиватор с опцией нулевого сжатия, работает на максимальной скорости работы диска.