— качаем плагин для Notepad++
— извлекаем из него файл csscomb.php
— пишем bat файл такого вида: php.exe csscomb.php "%1" (путь к php должен быть внесен в переменную PATH)
— в Eclipse в Run→External tools→Configuration создаем запуск внешней утилиты (как описано по ссылке)