скорее всего это не mysqli_insert_id() а что-то другое
Я 20 лет занимаюсь программированием, из них 15 сижу в таких гадюшниках как этот или стаковерфлоу, но никогда не видел подобной проблемы
и это очевидно, поскольку эта фунция вообще ничего не делает, а только получает от БД УЖЕ сгенерированный идентификатор
Скорее всего сейчас выяснится, как в песенке "Все хорошо, прекрасная маркиза": дело не в mysqli_insert_id(), а во вставке, и не просто во вставке а в том что вставляется 100500 строк, и не просто, а половина из них с ошибками, и так далее