Для защиты от межсайтового скриптинг (XSS) можно воспользоваться встроенными функциями, например такими:
htmlspecialchars()
Преобразует некоторые символы в виде HTML-сущностей, чтобы сохранить их значение. Обязательно используйте ее для фильтрации данных вводимых пользователей.
Для защиты от SQL-инъекций можно использовать следующие функции:
mysql_real_escape_string()
Экранирует специальные символы, принимая во внимание кодировку соединения, таким образом, что результат можно безопасно использовать в SQL-запросе.
Еще можно защититься используя фильтрацию по "белому" списку, приведение переменных и используя подготовленные запросы.
Чтобы найти поля, которые подлежат фильтрации можете воспользоваться специальными сканерами по поиску уязвимостей, например для SQL-инъекций можете воспользоваться утилитой SQLMAP
Еще перед вами стоит более комплексный подход по защите сайта, то можно воспользоваться онлайн сканерами уязвимостей, которые могут проверить большинство уязвимостей сайта, а так-же не помешает проверить наличие уязвимостей связанных с работой прикладных протоколов. Попробуй
metascan или https:// sitecheck.sucuri.net