Нужно чтоб значения из второго массива всегда было на 2 и 5 позиции в новом массиве.
$arrOne = [1, 3, 4];
$arrTwo = [2, 5];
$newArr = $arrOne;
$newArr[2] = $arrTwo[0];
$newArr[5] = $arrTwo[1];
var_export($newArr);
/* -> 
array (
  0 => 1,
  1 => 3,
  2 => 2,
  5 => 5,  обратите внимание, что элементы 3 и 4 отсутствуют
)
*/