Наиболее простой способ - держать и сервер, и бота на одной машине, и запускать процесс сервера как дочерний к процессу бота. Сервер стартуешь с опцией
--nogui
, тогда он будет читать команды со стандартного входа, а лог консоли писать или на стандартный вывод или на stderr, нужно смотреть куда именно.
Так как тебе нужно, чтобы дочерний процесс работал параллельно с основным, то вместо обычных функций из модуля subprocess нужно использовать
subprocess.Popen.
После этого периодически вызываешь
Popen.communicate(), чтобы подсунуть серверу новую команду на стандартный ввод, и прочитать его лог со стандартного вывода. Например, храни список команд, которые надо отправить, а в цикле проверяй его. Тогда достаточно будет подложить команду в список, чтобы она потом отправилась. Выхлоп сервера можно перенаправлять по мере поступления в какой-нибудь приватный канал дискорда, для мониторинга и отладки.
Как сделать этот цикл параллельно с работой бота, думай сам - ты не указал библиотеку для дискорда. Если это дискорд.пи, то там есть механизм для периодического вызова функций. Читай
документацию.