| - конвеер. Вывод одной команды передается на вход другой.
Например:
cat access.log | grep 'www..myhost.ru'
Вывод команды cat access.log передается на ввод команды grep 'www..myhost.ru'.
> - перенаправление вывода. При помощи него, например, можно передать вывод команды не на консоль, а в файл.
Пример из предыдущего варианта:
cat access.log | grep 'www..myhost.ru' > file.txt
Теперь мы получим результат работы ранее указанной связки записанный в файл file.txt. Ранее имеющееся в файле содержимое будет затерто.
>> - перенаправление вывода, но файл открывается на добавление. Все тот же пример, немного измененный:
cat access.log | grep 'www..myhost.ru' >> file.txt
Содержимое файла до выполненения этой команды не будет затерто, а результат работы связки будет дописан в конец файла.