Опять же Powershell:
$folders = Get-ChildItem -Path C:\ -Directory -Recurse | ForEach-Object {
[PSCustomObject]@{
Path=$_.FullName
Count=$_.FullName | Get-ChildItem -File | Measure-Object | Select-Object -ExpandProperty Count
}
} | Sort-Object Count -Descending
# Посмотреть потом первый десяток:
$folders | Select -First 10
Можно, кстати, объединить с другим вопросом, но, скорее всего будут дубли из-за повторных обращений к одной и той же папке, проверять лень :)
Но всё это крайне медленно.
Если же просто оценить что-как, лучше взять WizTree
https://diskanalyzer.com/