Первый алерт ставит на паузу дальнейшее выполнение скрипта, пока вы не нажмёте ОК.
Как только вы закрываете первый алерт, происходит вывод в консоль, а сразу затем происходит второй алерт, который также ставит на паузу всю работу скрипта, но в консоли уже есть сообщение.