@warobushek ну а при чем тут php? у вас запрос идет к php скрипту? не факт что это он обрывает
если это XHR то попробуйте timeout: 1000 в запросе поставить
@EnterSandman это я тупой: сам поставил timeout 50000 в запросе, похоже из-за этого, хотя странно- другие скрипты (не ajax) долгие не выполняются полностью