Прочитал про организацию своего PKI и не совсем понял одну вещь
Судя оп вопросу, стоило написать "не понял нихрена так что даже толком не могу обьяснить, что мне надо".
PKI - иерархическая структура выпуска сертификатов X.509, которые по сути являются защищенными от изменений файлами, содержащими некоторый набор данных (если абстрагироваться от сети доверия, поскольку собственному CA не доверяет никто), которые ты передаешь между некоторыми службами и сервисами. Как эти файлы будут использоваться - это твое личное дело, какие данные заложишь - такие и проверишь.
Разные ограничения можно реализовать по-разному, все зависит от того, что надо.
В почте сертификат используют для шифрования
В вебе - для подтверждения подлинности имени
В VPN - для аутентификации сторон