На винде это можно сделать только в виде двух исполняемых файлов. Первый, внешний файл - просто запускает основной второй и ждет, когда он завершится. Когда вызываемый файл завершится, запустивший его может редактироват экзешник. Тут надо разбираться с форматом исполняемых файлов и дальше надо просто переписать байтики в определенной позиции в секции .rdata или что там будет.
Но пользователь всегда может запускать второй файл напрямую. С этой проблемой еще можно как-то бороться если передавать какие-то секретные данные второй программе (основанные на известном состоянии этих меняющихся переменных). И основная программа при запуске должна их проверять. Или можно смотреть информацию о родительском процессе. А еще пользователь может прибить все ваши исполняемые файлы в диспетчере задач одновременно и следующий запуск будет с теми же самыми данными.
В линуксе можно исполняемый файл редактировать, пока он запущен - поэтому там попроще. Чтобы бороться с sigkill стоит редактировать файл в самом начале после запуска.
