Есть сервер ubuntu с установленным на нем Docker
Если вы планируете использовать docker compose, то не забудьте установить и его тоже, помимо докера.
подразумеваю что буду использовать разные контейнеры для бд, и самого сайта, и соответственно docker compose
Для удобства деплоя можно использовать docker compose, но это можно и сделать без него тоже.
как работать с удаленным сервером, как деплоить проект
Вы можете также посмотреть в сторону CI / CD для удобства деплоя. Также можно собирать ваши проекты при помощи скриптов gitlab и т.д.
Можно ли подключить как то докер к intellij?
В самом intellij есть плагин докер, который позволяет при разработке быстро деплоить приложения. Но пожалуй, не самая лучшая идея деплоить приложение на prroduction из intellij idea.
Да и в целом какие есть нормальные гайды и советы)
Я даже скажу больше - есть отдельные онлайн курсы для java разработчиков по docker
Вот, например -
https://www.udemy.com/course/docker-for-java-devel...
Хотя, можно и проще (открыть документацию к докер и прочитать ее).