Мало контекста. Первое, что приходит в голову, лучше:
"1) Использовать свою структуру и определить на ней методы для конвертации и парсинга других форматов"
Это сделает удобней обработку данных, раз "необходимо производить множество манипуляций", позволит делать семантическую а не только синтаксическую обработку. Даст single source of truth. Упростит debug и поддержку.