Две таблицы. Первая содержит график работы в конкретный день для конкретной компании:
+------------+-------------+------------+----------+
| company_id | day_of_week | start_time | end_time |
+------------+-------------+------------+----------+
| 1 | 0 | 09:00 | 18:00 |
| 1 | 1 | 09:00 | 18:00 |
+------------+-------------+------------+----------+
Вторая содержит информацию о перерывах, структура точно такая же.
+------------+-------------+-------------+-----------+
| company_id | day_of_week | start_break | end_break |
+------------+-------------+-------------+-----------+
| 1 | 0 | 12:00 | 12:30 |
| 1 | 0 | 15:30 | 15:55 |
+------------+-------------+-------------+-----------+
График работы уже будете собирать из данных, которые получите в таблице. Если в какой-то день недели выходной - можно или не создавать этот день в таблице, или заполнять его через null (start, end). Первый вариант предпочтительнее.