Очень мешает откуда-то самопроизвольно возникающая схема mydb, которую я не могу удалить.
Проверьте свойства (подключения, профиля) - возможно, именно это имя БД указано как база по умолчанию. И добрый Workbench, чтобы не плеваться ошибками на несуществующую БД, просто создаёт её. Или БД по умолчанию вообще не указана, и Workbench вытаскивает это имя откуда-то из своего загашника с дефолтными значениями.
таблицы стали создаваться именно в ней, а не в той схеме с которой я работаю
Если при создании таблицы указано её имя с указанием имени БД (
CREATE TABLE dbname.tablename ( .. );
) - таблица будет создана именно в указанной БД. Если же имя БД не указать - таблица создаётся в текущей БД. Почему у Вас именно эта БД текущая, и почему Вы не меняете её перед созданием таблиц запросом
USE - это именно к Вам вопросы, и именно Ваша вина в том, что таблицы создаются "не там".