Это нормально.
Ну то есть про конкретный код нельзя сказать, не видя его, но " выносить каждые пару строк в отдельную функцию" - это нормально. Куда нормальнее, чем писать всю тысячу в одной.
Рекомендую найти видео "Как писать код, который понравится вашим тестам" с первой PHPRussia. Там очень доходчиво рассказывается про то, почему надо делать простые методы. Не только для тестов. А ещё и для повторного использования и для упрощения поддержки кода. Когда надо прочитать основную логику модуля, то даже сокращение в два раза (по одному методу вместо двух строк кода) уже сильно облегчает задачу.
А если уж даже тест понял, что делает ваш код, то человек поймёт и подавно :)
Как вам написали выше - все дело в именах методов. Если они информативные, то есть если конструкция
if ($this->function_7($a) && $this->function_8($b))
читается
как связный английскй текст, то mission accomplished! Функции выполняют свою роль: легче всего читать код, которого нет. Вместо того, чтобы разбирать, что делает тот или иной код, можно просто прочитать небольшой текст на английском.