Решение
Нужно изменить корневую папку сайтов не только в конфиге виртуального хоста, но и в конфигах по умолчанию
000-default-le-ssl.conf - будет если подключали HTTPS
000-default.conf
ПС. Хотя непонятно почему в первом указан один поддомен, а второй нет, но работают оба, если к примеру закомментировать всё в первом, то уже error 525