Целиком задачу трудно понять.
Можно построить HTML разметку на JS и запускать после остальных скриптов. Ну и естественно при изменении DOM тоже запускать:
$("#myHideDiv").bind("DOMSubtreeModified", function() {
buildDiv();
});
Только гуглите по поводу события DOMSubtreeModified - это вроде хромовская штука.