Проверяйте количество проиндексированных страниц не через оператор host, а site.
site:site.ru
Продолжение.
Тема хоть и кажется простой, но на самом деле есть подводные камни.
Как вам сказал Артем Высоков, смотрите прежде всего в обоих кабинетах для вебмастера. Оператор site прежде всего используется для поиска информации по сайту. Им оценивать количество страниц в поиске можно очень умозрительно.
Тут другая мысль пришла в голову. Посмотрел некоторые сайты по количеству проиндексированных страниц в вебмастерах и пришел к интересному выводу. Сайты услуг, которые чаще всего меньше по объему страниц, имеют минимальное расхождение данных оператора site с кабинетами (сходство на 90 - 95%). А вот у интернет-магазинов расхождение большое: в 2 - 3 раза.
Дело может быть в следующем. Сайты услуг чаще всего имеют уникальные страницы с уникальным контентом. Тогда как в интернет-магазинах много страниц неполных дублей. В интернет-магазинах многие страницы отличаются между собой только одним или двумя словами. Не во всех, но часто. Пример: раздел по шкафам для кухни Бордо зеленого цвета и шкафам для кухни Бордо бежевого цвета. У таких страниц будет все одинаково, кроме 2 слов в метатегах и тексте.
Поисковики такие страницы могут считать как малозначимыми и даже спамными. Возможно, такие расхождения можно считать некоей метрикой по определению загруженности сайта некачественными страницами. Но это надо еще проверить.
Если у вас расхождение в 5 - 20 раз, то пересмотрите свои страницы. Являются ли они в достаточной мере уникальными? Если нет, то приносят какой-либо значительный трафик такие страницы? Может их лучше объединить в одну.