Посмотрите в глобальных настройках апача — нет ли что то типа <Location /js >… или Если включить директиву Options +Indexes — показывает ли содержание вашей директории?
По ссылке чушь, поподробней нельзя описать проблему? Может ссылку дадите или рессурс? ато это выглядит как: «У меня есть машина, я поменял двигатель и теперь она не ездит».
По ссылке чушь потому что почитайте там последний камент. Вы лучше поподробней проблему опишите или дайте ссылку на рессурс где у вас не работает JS, чтобы люди не гадали что у Вас может случиться, вариантов слишком много, вплоть до ошибки в скрипте/опечатки/разницы протоколов/неправильных путей.
Я уточнил в вопросе… проблема таки не в js т.к. он загружается без ошибки 404 из другой директории. В папке с js скриптами нет htaccess файла вовсе, и в другой тестируемой директории его тоже нет. В корневом htaccess нет директив указывающих на js я удалял даже корневой htaccess совсем.