В общем, проблема у Вас во-первых в том, что Вы неправильно прописали классы, точнее не прописали их вообще. affix и affix-bottom должны быть прописаны, примерно так:
#float-nav.affix {
top: 0;
background: #900;
}
#float-nav.affix-bottom {
position: absolute;
top:auto;
bottom: 1000px;
}
Вторая проблема в том, что offset-bottom и значение bottom у класса affix-bottom не должно совпадать. Точнее сказать так: в реальном примере (что не отражено в документации bootstrap) появляются поправки. Я приведу пример из своей практики: навбар, которые должен был фиксироваться, имел верхний и нижний паддинги в 10px, поэтому я вводил поправку в 20px. То есть в css у меня было 450px, а в js 470. Соответственно, потом я отключал этот паддинг и убирал поправку - и тоже все работало.
Вычислить это поправку у Вас я не смог, но дело точно в ней. Я когда-то долго мучился, пытаясь понять что делаю не так, и решил вопрос в итоге.
Попробуйте на свежую голову посмотреть, возможно найдете причину.
Можете погуглить: bootstrap affix blinking - этим вопросом задаются многие. Вам советую искать решение на готовом примере.