Если нужно просто удалить старую историю, то это можно сделать быстро и безопасно всего парой команд.
Первая команда схлопнет всю историю ветки в один коммит:
git reset $(git commit-tree HEAD^{tree} -m 'Новое начало истории')
Вторая команда очистит папку .git от мусора:
git gc --prune=now --aggressive
Ну и конечно отправить новое состояние ветки на гитхаб:
git push --force
Если у вас Windows, то работайте в git-bash, а не в стандартной командной строке.