Тут все предлагают system("cls"), хотя практичнее было бы использовать символ \x08.
Простой пример, для понимания:
print('foobar', flush=True, end='') #немедленный вывод без перевода строки
print('\x08'*3, flush=True, end='') #отступаем на три символа назад
print('xyz', flush=True, end='') #на экране будет выведено fooxyz
Но этот приём работает только если:
1. Данные выведены строго в одну строку, и курсор остаётся на ней.
2. Известна длина затираемой части строки.
3. Обновлять таким образом нужно только одно значение на экране.
В противном случае либо используешь приём с cls, либо вообще плюёшь на терминал и делаешь GUI.