New Developer, Ну если N*N массив то можно и одним циклом заполнить, N*M не выйдет.
const N = 5;
let arr = new Array(N);
for (let i = 0; i < N * N; i++) {
let col = ~~(i / N);
if (!Array.isArray(arr[col])) arr[col] = new Array(N);
arr[col][i % N] = 0;
}