iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 1000 -j DNAT --to-destination 1.1.1.1:9999 # на всякий случай
# modprobe nf_conntrack
echo 1 > /proc/sys/net/ipv4/ip_forward
iptables -A FORWARD -m conntrack --ctstate ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
iptables -A FORWARD -p tcp -d 1.1.1.1 --dport 9999 -j ACCEPT
iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 1000 -j DNAT --to-destination 1.1.1.1:9999
POSTROUTING не требуется?Требуется, если 6.6.6.6:1000 не является шлюзом для 1.1.1.1:9999 (а по описанию задачи не является).