Добавить ограничение по уникальности этого поля, затем при добавлении записи можно будет при возникновении конфликта (дублировании записей) автоматически пропустить добавление. Конкретный формат зависит от базы данных. Для sqlite:
добавить unique(имя поля) в создание таблицы
create table mytable (id integer primary key,
user_id integer,
....,
unique(user_id)
)
затем при вставке данных
INSERT INTO mytable (user_id, user_name) VALUES (...) ON CONFLICT(user_id) DO NOTHING
Можно и более костыльный вариант. Перед вставкой данных делать запрос
result = cur.execute('select 1 from mytable where user_id = ?), (user_id, )).fetchone()
if not result:
# делаем insert