Что значит "можно ли"? Не нарушаете ли Вы этим лицензию?
конечно можно и нужно добавлять свои классы. Бутстрап лишь дает возможность быстро начать и сосредоточиться на уникальных вещах и не тратить время на сетку и распространенные js плагины.
Даже на самом сайте bootstrap много самописных классов. Другое дело, что не стоит ставить на bootstrap свои плагины, повторяющие плагины bootstrapa или не ставить bootstrap'овские, благо это позволяет сделать их конструктор.