Аналог реестра Windows на OS X это defaults. Только он устроен совсем по другому и в чистке не нуждается.
Для удаления приложений вместе со временными файлами и прочим хламом из папок вроде Application Support советую использовать приложение
AppCleaner.
Удаленные же файлы удаляются реально после очистки корзины, а до этого могут просто храниться в скрытой папке. Тут ничего чистить не нужно.