У меня были подобные проблемы не с Autoprefixer, а с другими плагинами для Sublime. Проблема была в том, что имя пользователя было написано кириллицей и системный путь до плагинов выглядел как
C:\Users\Михаил\AppData\Roaming\Sublime Text 2\Packages
Это одна из проблем (фишек, кому как) Python, на котором плагины и работают.