Создаете модификатор блока .header, например .header--fixed.
.header
height 60px
background #000
&--fixed
position fixed
left 0
top 0
Со стороны JS делаете проверку:
$(window).scroll(function() {
var container = $('.header');
var status = $(this).offsetTop >= container.height() ? true : false;
container.toggleClass('.header--fixed', status);
});
Либо делаете сразу фиксированным .header и создаете отступ у контейнера который оказывается под .header