Смотря какой сайт, но вот город.пример.рф так будет лучше с точки зрения СЕО по той причине, что можно будет узкую региональность задать для сайта и он будет считаться более приоритетным для запроса. Но это зависит от тематики сайта. 1 вариант, тоже норм, в некоторых случаях, но явно не 3
