Да, почта будет работать, т.к. она находится не на атакуемом сервере.
Рекомендуется при использовании защиты от DDoS, выносит почту на отдельный сервер, т.к. в почтовых записях передается реальный IP сервера, на котором она расположена. Желательно выносить почту на другой хостинг или сервер предоставления почты. Если сменить только IP, но оставить на том же хостинге, то могут залить канал.
