Как запустить несколько веб-приложений (Spring) на одном сервере?

Spring Boot тоже умеет war делать.
Раздельные инстансы приложения для разных доменов лучше, чем один инстанс на все домены

tomcat контейнер сервлетов, а не сервер приложений
и зачем отказываться от spring boot?

Приложение, использующее Spring Boot, уже включает в себя контейнер. Я же предлагаю использовать уже существующий контейнер или сервер приложений для запуска приложений в нём. Spring Boot в этом случае не нужен.

Руслан Лопатин: в Spring Boot можно исключить только контейнер - зачем же отказываться от остальных преимуществ?

Руслан Лопатин: у тебя очень странное и узкой представление о spring boot. ничего не мешает тебе задеплоить его во внешний tomcat как обычную war ку (хотя деплоят всю свою грядку в 1 внешний tomcat в наше время только динозавры)