CMS намного чаще используют для того, чтобы сделать готовый сайт, не написав ни строчки кода (ну только шаблон сверстать или свистнуть откуда-нибудь).
> как связать свой код
Здесь всё зависит от CMS. Варианты
0) самый печальный - CMS проприетарная, код зашифрован. Здесь - никак (кроме последнего пункта ниже, но тоже не факт).
1) как раз случай с wordpress - ко многим CMS можно писать свои плагины, используя "внутреннее API" самой CMS.
2) если CMS плагинов не предполагает, но код открыт/доступен - можно переписать часть кода так, как необходимо.
3) отдельные гении пишут просто независимый код, который напрямую взаимодействует с той же базой, что и cms. Оправдано в очень-очень редких случаях.
А зачем использовать - чтобы не плодить тонны говнокода, который делает одно и то же.
